O Snapshot é como um disco diferencial ele cria o arquivo .AVHD e deixa o HD original, o .VHD parada sem mais nenhuma alteração.

Para fazer essa operação faça um backup do seu arquivo .vhd e dos snapshots .avhd e então faça o seguinte:

1. Renomeio o arquivo .avhd para vhd;

2. No MMC do Hyper-v escolha a opção Edit Disk;

3. Clique em Next e depois localize o snapshot que será mesclado;

4. Então na próxima tela marque a opção Merge; (Mesclar)

5. Depois será perguntado onde será aplicado o Merge, clique em To the  parent virtual hard disk;

6. Depois que terminar crie uma nova máquina utilizando o VHD resultante do merge.